神秘孢子入侵地球，高中生泉新一的右手被寄生兽“米奇”取代，人与共生的故事由此展开。
吊车尾的忍者漩涡鸣人，以成为火影为目标，在伙伴们的陪伴下不断成长，守护木叶村。
住在深渊边缘的孤儿莉可，与机器人少年雷古一起，向吞噬一切的大洞穴“深渊”发起挑战。